尽管已经采取了上述的维护与预防控制措施，但是膜污染还是不同程度地客观存在。因此，必须不断地及时地进行对污染膜的处理，才能保证超滤器正常地工作和取得预期的效果。所以，应该较好地掌握处理技术，包括物理的和化学的方法。
等压冲洗
适用于中空纤维膜超滤器。冲洗时首先降压运行、关闭超滤液出口并增加原水（料液）进入速率。此时中空纤维内腔压力随之上升，直至达到与中空纤维外侧腔体操作压力相等，使膜两侧压差为零，滞留于膜表面的溶质分子，即会悬浮于溶液中并随浓缩液排出。
反冲洗
一般采用两个超滤器并联运行，用一个超滤器的出水对另一个超滤器进行反冲洗。这应在较低的操作压力下进行（约132kPa左右），以免引起膜破裂。反冲洗时间一般需要20～30min。对于卷式超滤器，定时反冲洗是稳定其产水量的必要手段。
水力反冲洗
研究结果表明，对于因长期连续运转透水量下降而再生又有困难的超滤装置，在停止运转时用高纯水浸泡静置10h以上，然后再进行水力反冲洗是提高超滤透水量的有效方法。
采用混合流体
混合流体在低压下冲洗膜表面15min。这种处理方法简单，对于初期受有机物污染的膜的清洗是有效的。
去除污染物
对管式超滤器可采用软质泡沫塑料球、海绵球（直径略大膜管内径），对内压管膜进行清洗。在管内用水力让泡沫、海绵球反复经过膜表面，对污染物进行机械性 的去除。这种方法对软质垢几乎能全部去除，但对硬质垢则不但不易去除，且容易损伤膜表面。因此，该法特别适用于以有机胶体为主要成分的污染膜表面的清洗。
蒸汽消毒
蒸汽消毒可用于无机膜和聚砜膜组件。
化学清洗方法
超滤器化学清洗所采用的清洗剂种类，一般与反渗透器所用相同。但是，在具体选择的时候，应根据污染的类型和程度、膜的物理和化学性能来选择和确定清洗 剂。清洗剂可以单独使用，但更多的情况下是复合使用。例如污垢的主要组成是无机物质像水垢、铁盐、铝盐等，则可用酸类、螯合剂、非离子型表面活性剂以及分 散剂的复合配方。如果污垢主要是有机污垢，包括粘泥和油类，则通常采用阴离子型或非离子型表面活性剂、碱类、氧化剂或还原剂、分散剂和酶洗涤剂的复合配方。
